Pendant la période d'exploration et de colonisation du nouveau monde, l'Europe est le centre de conflits.
En Europe centrale, la réforme protestante remet en cause la suprématie de l'église catholique romaine en 1517. Charles Quint, déjà souverain de Hollande et d'Espagne, est nommé empereur du Saint Empire romain germanique (catholique) en 1519, ce qui lui permet de dominer presque toute l'Europe. Le roi de France François 1er cherche à s'allier avec l'Angleterre contre Charles Quint qui est devenu trop puissant. Mais dans le même temps, la France et l'angleterre combattent le protestantisme qui s'est répandu chez eux.
L'Espagne s'en mêle, défendant les intérêts de l'église catholique, ainsi que le Danemark et la Suède, qui sont dans le camps des protestants... Les tensions politiques augmentent, et catholiques et protestants s'affrontent dans des guerres de religion. En 1598, Henri IV alors roi de France, signe l'édit de Nantes qui met un terme aux guerres de religion et autorise une certaine liberté de culte aux protestants. Mais à partir de 1610, Louis XIII est sur le trône et son ministre Richelieu supprime une partie de leur privilèges aux protestants afin de les soumettre et ainsi renforcer la suprématie du roi. C'est Louis XIV qui signe la révocation de l'Edit de Nantes en 1685. Elle aura pour conséquences en France la persécussion des protestants et leur fuite à l'étranger. Beaucoup partiront pour et les Pays-Bas, très tolérants en matière de religion, d'où ils migreront vers les Amériques ou l'Afrique du Sud. Certains de ces Huguenots, comme les appelaient leurs ennemis, ont été déportés ou ont trouvé refuge aux Antilles.